Nel tuo esempio: $input = array_splice ($input, 2, 1);

Sarebbe $x = array_splice($x, 1, 1) (cioè devi riassegnare il tutto a $x). Però quello che dicevi tu
se io volessi cancellare la seconda riga cioè Array ([1]=> Array()) ... come faccio?
si ottiene con $x[1] = array();