Io non conosco bene PHP, per cui dentro PHP la sintassi potrebbe essere sbagliata.

Tieni presente che il codice PHP viene risolto PRIMA di inviare la pagina al client. Verifica cosa arriva al browser (click destro -> mostra sorgente).

Il codice dovrebbe esser qualcosa di questo tipo:
<select name="qt" size="1" onchange="document.getElementById('prezzo').innerH TML = parseInt(this.options[this.selectedIndex].value, 10)*499.00;"