Allora, il commento serve a "far saltare" l'esecuzione del javascript ai browser che non sono in grado di supportarlo (ad esempio versioni molto vecchie dei browser stessi).

E sì, inserendo il codice js in file esterni - poi richiamati nell'html - evita di usare i commenti a inizio e fine.

Lo stesso vale, ad esempio, per i css inseriti nel tag style nella head: andrebbero commentati anche quelli.

Tuttavia, non c'è nulla che ha a che fare con un problema, come è stato definito.

Insomma, in fin dei conti, il commento serve solo a far saltare l'esecuzione da parte di broswer non in grado di eseguirlo. Se non ci fossero i commenti, ci potrebbero essere errori di caricamento o di visualizzazione.