In pratica devi aprire il file di esecuzione del programma del quale vuoi modificare qualche icona:
ti darà un sacco di cartelle, se le sfogli, in alcune di queste trovi delle immagini che puoi modificare con gli strumenti che trovi accanto.
In particolare ci sono le cartelline che riguardano TRAY... che contengono le icone che quel programma ha quando è ridotto a icona, quindi basta disegnare qualcosa di diverso ed ecco che l'immagine cambia.

Poi salvi e tutto è ok.