Ho provato con il

Transitional loose

<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN" http://www.w3.org/TR/html4/loose.dtd>

Ma se da una parte ho risolto il problema della barra orrizontale per IE6 800x600, dall'altra, sempre per IE6, in un layout a 3 colonne contenuta nel container, le due colonne laterali si allontano da quella centrale con uno spazio tra la centrale e le due laterali troppo evidente