Codice PHP:
$query = "SELECT id FROM table_2";
$result = mysql_query($query);
while ($row = mysql_fetch_array($result))
     {
       $queryDel = "SELETE FROM table_1 WHERE id = '$row[id]'";
       mysql_query($queryDel);
     } 
Credo si possa fare anche con un join ma onestamente non lo so usare molto bene e quindi ti posto questo metodo. Ciao!