Il mio problema consisteva che, impostando come 100% l'altezza di un div, non mi teneva conto delle dimensioni (fisse e impostate in pixel) di header e footer.
Come da specifiche infatti si adattava al 100% del contenitore, quindi la pagina, al quale si AGGIUNGEVANO le altezza di header e footer, come ad esempio succede in questo esempio.

Invece è possibile ottenere lo stesso risultato visivo del 100% d'altezza strutturando la pagina in questo modo:



Sul livello superiore header e footer sono appoggiati l'uno al bordo sopra e l'altro sul bordo sotto; nel livello inferiore il div contenente il corpo della pagina è incastrato in mezzo a due div vuoti delle dimensioni di header e footer, che impediscono che finisca sotto ad header e footer reali