ho ripulito alcune tabelle da poco. Ho utilizzato il seguente sistema:
creazione di temporary table, copia raggruppando le voci, cancello la tabella, ricopio dalla tabella temp alla vecchia... te lo posto tale e quale usato da me su phpmyadmin.
codice:
create temporary table temp
select * from photo
group by photofilename;

truncate table photo;

insert into photo
select * from temp;
la tabella si chiama photo ed il campo photofilename... (of course). I comandi vanno messi nella stessa finestra query. Fai una copia della tabella se non ti fidi.