Correggetemi se sbaglio.:

Installi linux sull' hd esterno e il boot loader sull mbr del hard disck interno (come si fa normalmemnte).

Ora è possibile scegliere da dove fare il boot.
Se l hd esterno è collegato, all' avvio scegli linux e dovrebbe funzionare.

Non dovrebbe essere besessatio fare il boor per forze dall hd esterno.

Ciao!