Ciao,
l'unica cosa delle pagine lato server dinamiche (non solo PHP) che dispiace ai motori sono gli URL con query string troppo lunghe.
Trovi maggiorid ettagli sull'argomento qui

http://pro.html.it/articoli/id_219/idcat_28/pro.html
http://freephp.html.it/articoli/view_articolo.asp?id=61