Quello che chiedi sembra quasi quello che ho scritto io. Ti posto il mio codice ma non credo avrai difficoltà ad adattarlo

codice:
 <script language="javascript">
  var iframe = "<iframe src='framemain.htm' name='main' frameborder='1' scrolling='auto';
     if ((window.screen.width <= 800) && (window.screen.height <= 600)) {
        document.write(iframe + "height='480' width='640'>");
     }
     else {
        document.write(iframe + "height='500' width='700'>");
     }
</script>
Ciao