Non e` tutto corretto quello che scrivi.

Alcuni anni fa e` vero, Netscape e Microsoft hanno tentato di aggiungere funzionalita` ad un JS che gia` era standard.
Poi pero` Netscape, gia` con NN4, e` rientrata negli standard, mentre Microsoft ha continuato a sviluppare il suo Jscript (forte del suo quasi-monopolio).

Ora esiste un JS standard (si chiama in realta` ECMA-script), che fa riferimento al DOM (Document Object Module) che e` standard.
IE riconosce perfettamente sia JS che il DOM, ma ha delle funzionalita` in piu` che riconosce solo lui (non e` piu` del tutto vero se lavori in XHTML Strict con IE6).

Quindi il JS e` ancora validissimo, purche` si usi quello standard.

VBS invece e` un discorso completamente diverso.
E` stato sviluppato solo per IE, mentre altri browser non lo hanno mai supportato (con forse un'eccezione per Opera in emulazione IE). E` vero che VBS puo` essere pericoloso per la sicurezza ed in effetti puo` venir diabilitato.


Tornando a JS.
E` supportato, come dicevo, da tutti i maggiori browser, ma ha dei problemi:
1. browser "leggeri" (per PDA e telefoni cellulari): potrebbero non supportarlo
2. e` da usare con cautela, perche` puo` introdurre dei movimenti nella pagina che possono dare fastidio all'utente.
3. se lo si usa occore che TUTTE le funzionalita` introdotte da JS siano disponibili anche con altre tecnologie (lato client o lato server): e questo non solo perche` lo dice la Legge Stanca (4/2004) ma per rispetto verso chi per qualsiasi motivo disabilita JS.

Quindi non usare JS per i menu (si possono fare con i CSS, e in modo molto piu` professionale), se usi JS per una verifica di un form devi comunque duplicare il controllo lato server, per il mouseover/mouseout i CSS sono molto meglio.
Pero` se vuoi migliorare l'aspetto (non il contenuto) della pagina con JS e` un'ottima idea.