Per windows devi guardare le WinAPI
C'è una funzione che permette di minimizzare ad icona ed un altra che permette di dare il focus ad un'applicazione.
E se non ricordo male c'è anche una funzione per rendere il processo "invisibile"... il problema è che non ricordo il nome di queste funzioni: fatti una ricerca tra le winapi sapendo che esistono.