1) se hai una checkbox di nome 'pippo[5]', la ritroverai come
$_POST['pippo'][5], e non $_POST['pippo'[5]]

2) in ogni caso stai dimenticando che le checkbox non selezionate non tornano al server. Quindi, ponendo che tu abbia ad esempio 10 checkbox numerate da 0 a 9 e ti vengono selezionate la 5 e la 7, l'array ricevuto in _POST sarà di soli 2 elementi con indice 5 e 7.
Tu però fai un count che restituisce 2 e poi vai a cercare gli indici 0 e 1, che non esistono. Per questo non puoi trovarle, a meno che non selezioni le prime