la domanda mi ha l'aria di una cosa molto complicata ... provo ad interpretare.

Vuoi selezionare con il mouse un pezzo di testo in una textarea e applicare a tale pezzo delle formattazioni (ovvero inserire dei marcatori all'inizio e alla fine)?

In tal caso la risposta e`:
con JS standard non si puo`, ma ci sono soluzioni per alcuni browser - fai una ricerca nel forum: e` gia` stato trattato.