Non ho capito bene, ma forse ti basta questo consiglio.

Dopo il primo split ti trovi con un vettore, ciascun elemento del quale contiene:
N-N (numero, segno -, numero).
Devi semplicemente rifare lo split separando secondo il - e trasformare le stringhe numeriche in numeri. Esempio:
codice:
  var uno = qualcosa.split(/\|/);
  for (var i=0; i<uno.length; i++) { // loop su tutti i pezzi
    var due = uno[i].split(/\-/);
    var alfa = parseInt(due[0],10);
    var beta = parseInt(due[1],10);
    // qui utlizzi alfa e beta per fare quello che vuoi
  }