Non ti preoccupare! Fanne quante vuoi! Senza domande non si imopara e soprattutto domandare è sinonimo di interesse!
Passando alla risposta da quello che ho capito (anche io ho fatto la tua stessa domanda qualche tempo fa) e da come ho organizzato io il sito un modulo fondamentalmente è una parte del sito. Ci sarà quindi un modulo per il catalogo online, uno per il carrello, uno per i link, uno per la galleria di immagini, ecc.

Un plugin, invece, è un insieme di di classi che svlgono una singola funzione: per esempio ho fatto un plugin che ridimensiona le immagini, uno che si occupa di caricare files sul server, uno che controlla i dati provenienti dai form, uno che gestisce le categforie e le sottocategorie. Sono costruiti in modo molto astratto cosicchè possano essere adattati facilmente a qualsiasi situazione.

All'inizio cmq non sarà facile. Io ci sto lavorando da parecchio (anche perchè c'è una vita sociale oltre al computer! ) e solo ora sono riuscito ad arrivare alla struttura definitiva che cmq ha bisogno di molte altre modifiche. Poi cmq diopende da te! Se vuoi che i moduli si installino automaticamente, se vuoi gestirli tramite pannello di controllo, ecc. Io tutte queste funzionalità non le ho proprio prese in considerazione perchè renderebbero la struttura poco elastica. Poi è una questione di scelete! Ciao!