ho il tuo stesso identico problema
con htpass tutto ok scrivo leggo autorizzo ecc ecc
ora per non duplicare i contenuti e allo stesso tempo usare due diversi sistemi di accesso avevo proprio bisogno di integrare i due controlli ma è dura
potresti postare qui quello che hai messo in htaccess per il ref ?
questi sono i miei

AuthUserFile /home/ilmiosito/public_html/cartella/cartella_dati/.htpasswd
AuthName MEMBERS
AuthType Basic

<Limit GET POST>
require valid-user
</Limit>

----------------------------------

RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP_REFERER} !^http://sito.controllo.com/cartella_admin/verifica.php/ [NC]
RewriteCond %{HTTP_REFERER} !=""
RewriteRule /* http://www.altrosito.com/ [R,L]


nel primo caso tutto ok e funzionante nel secondo ciccia da qualunque sito provengo mi manda sempre su www.altrosito.com
Vediamo se in due zoppi riusciamo a farne uno buono