E che me ne faccio del codice!!!!

Tu utilizzi semplicemente una funzione builtin di php per trasformare in entità html tutto il trasformabile.

Quello che devi fare è:

1) Studiarti le espressioni regolari
2) Costruire una funzione che applichi htmlentities a tutto il codice tranne che nei punti dove non vuoi che venga applicata.