La differenza tra phpmyadmin e php e' che phpmyadmin esegue le query da linea di comando e quindi esegue tutte le query che gli metti nella finestra purche' siano separate da un ;

php esegue le query tramite la funzione mysql_query che ne esegue solo una alla volta. A meno che non si tratti di query multiple... ma multiple per mysql e non multiple per php.

Di solito si fa cosi'... si mettono le query in un array e poi si scorre l'array con un foreach passando via via le stringhe a mysql_query che le eseguira' appunto una alla volta.