Perche` le caselle di testo SONO stringhe.
Puoi convertirle in numeri mediante parseInt() o parseFloat():
codice:
var totale_parziale=0;
for (var i=0; i<lunghezza; i++) {
   totale_parziale += parseFloat(document.form1.costo_unit[i].value);
}

oppure:

var totale_parziale=0;
for (var i=0; i<lunghezza; i++) {
   totale_parziale += parseInt(document.form1.costo_unit[i].value, 10);
}