il problema è che filter non è uno standard w3c(che mi pare non preveda proprio questi effetti),e in quella forma lo implementa solo IE.
Mozilla c'ha una sintassi diversa per ottenere la trasparenza (anche questa non è standard w3c).
nel css la cosa si risolve usando:
filter: alpha(opacity='90');
opacity:0.9;
il primo è per IE,il secondo per Firefox:
però non so come fare da javascript.
A questo punto puoi andare per tentativi o aspettare qualcuno che ha già la soluzione