ti posto le parti significative del codice:

//parametri passati dal form
$nome_post = trim($_POST['nome']);
$cognome_post = trim($_POST['cognome']);
$password = trim($_POST['password']);
$conf_password = trim($_POST['conf_password']);
$email = trim($_POST['email']);
$laurea = $_POST['laurea'];
$altro_corso = trim($_POST['altro_corso']);
$note = trim($_POST['note']);
$matricola =$_POST['matricola'];

//creo l'username da nome e cognome che sono stati passati
$prefisso=substr($nome_post,0,1);
$suffisso=substr($cognome_post,0,7);
$username=$prefisso.$suffisso;

$handle = fopen("materiali\.htpasswd",a);
fwrite($handle,$username.":".md5($password));

infatti è parecchio strano cheusando md5 in 2 modi differenti dia 2 risultati diversi