1 - la directory legata a quella partizione (es /mnt/dati) sarà semplicemente una dir vuota qualunque. Il sistema non ha alcun problema.

2 - le caratteristiche del nuovo disco non andranno ad influire in alcun modo sul sistema. All'avvio il kernel vedrà sempliemente un nuovo device sul canale ide e proseguirà col boot.
Semplicemente crea una nuova partizione, formattala e montala. Niente di più semplice.