Puoi intervenire in due modi, ovvero client (javascript) o server side (php, asp, ...). In entrambi i casi il meccanismo è lo stesso (e dovrai chiedere nel forum adatto ).

In linea di principio il tutto funziona così:

1. Crei un array in cui memorizzi i percorsi di tutti i file delle immagini.
2. In una variabile inserisci un numero - compreso tra 0 e l'indice massimo dell'array - generato casualmente (random) dal computer.
3. Quando carichi la pagina, carichi l'immagine del banner pescando nell'array tramite la variabile random.

Ora sta a te decidere che linguaggio usare e poi spostarti sul forum relativo.