non ho qui il codice ma in linea di massima devi:

trovare in javascript le dimensioni dello schermio usato dall'utente
calcolare la dimensione necessaria sulla sinistra dalla differenza fra lo schermo e la dimensione della finestra (ovviamente diviso due).
usare il dato per posizionare il pop-up.

Attenzione dovrai considerare comandi leggermente diversi sia per IE che per Mozilla e Firefox.

Ciao,
Alex