Sottoscrivo il consiglio che è (spaventosamente) meglio Win2K.
Anche io ho avuto un problema come il tuo: avevo un harddisk che non riusciva a fare boot con nessun S.O. di Microsoft. Ho risolto cancellando e creando delle partizioni Linux Native con un'installazione di Mandrake.

Poi ho nuovamente fdiskato e riformattato con Win2K e tutto a funzionato perfettamente.

ma alla fine