Non ne hai parlato impropriamente... è quello....
nella popup semplicemente non vedi lo stato...
prova ad aprire la popup nella stessa finestra e vedrai che ti lascerà passare.. sempre che non stiamo parlando di contesti differenti...

Se stai entrando in un admin è probabile che sia stato implementata una "sessione admin" che utilizzerà quindi un'altro cookie (per esempio)