puoi usare .htaccess per l'autenticazione, considerando che questo sistema comporta alcune limitazioni, una delle quali è l'impossibilità di eseguire il logout se non chiudendo il browser.

l'altra soluzione è la costruzione di un sistema di login tramite php, e proteggere le singole pagine controllando che vengano incluse solo dalla index, evitando quindi link diretti non permessi.