Per quello esiste la crittografia. Programmi come PGP o gnuPG sono adatti allo scopo.
criptano tutti i file della cartella e a me questo non va. Come scritto ho cartelle molto grandi e criptare per poi decriptare ogni volta mi fa perdere tempo.
Applicare delle restrizioni di accesso ad una directory senza impiegare l'utilizzo di crittografia è un compito specifico del file system, quindi o tieni FAT32 e impieghi la crittografia o metti NTFS e gestisci il tutto a livello utente. Non credo ci siano alternative valide a riguardo.