Non ho studiato le InnoDB e nel particolare non so come funzionano esattamente.

I dati sono tutti nei file che citi + il frm della tabella. Se ripristini quei file ripristini tutte le tabelle innodb del server e non solo la tua specifica.

Se fai un backup della tabella estrai i dati della tua. In caso di ripristino del backup perdi anche il log relativo, e giustamente perche' non avrebbe senso. I log servono per ripristinare i dati della tabella in caso di corruzione. Se fai il restore di un backup si suppone tiu voglia ripartire da "quel" punto.

Mi dilungo per centrare la risposta....

Se salvi tutto il direttorio dei data come file e non come backup ripristini tutte le tabelle.

tips & tricks... Se ti dovesse succede perdite di dati vai nel my.ini e cambia il path dei data. Metti i file recuperati nel nuovo path ed avrai il tuo db integro come al momento del salvataggio. Estrai il backup della tabella interessata. Torni dov'eri prima col path data, droppi la tabella scassata e ripristini con quella salvata.

Poi do un'occhiata al manuale... anche se mi pare che un ALTER TABLE ottimizzi la tabella anche nelle MyISAM.