Dipende. io al 90% scrivo in Code behind.

SICUREZZA:
Beh il code behind compilato, prima cosa ti fornisce una maggiore sicurezza in fase di release (ovvero il codice che hai scritto è tutto compilato nella DLL [trapasso volutamente il discorso dei reverse eng]).

METODO DI LAVORO FLUENTE:
In un classico ambiente che può essere una webagency
i file .aspx ai grafici i file .cs /.vb ai developers.
In questo modo i programmatori possono concentrarsi sul codice senza dover aspettare il lavoro dei grafici.

ci sono tanti altri vantaggi e svantaggi, ma non ho tempo ora.
poi ti dico