La strada che hai scelto consiste nella compilazione dei sorgenti e conviene farla sempre da root. Ti consiglio di leggere la documentazione a corredo con il programma che hai intenzione di installare per sapere tutte le opzioni che puoi passare al ./configure .
Per quanto riguarda la disinstallazione, a meno che non si possibile dare un make unistall è difficile disinstallare un programma. Il mio consiglio è quello di usare checkinstall che permette la creazione di un pacchetto per la tua distribuzione in modo tale da poter eseguire la disinstallazione semplicemente usando il package manager della tua distro che essendo mandriva suppondo sia urpmi

Ecco qualche link per checkinstall:
http://asic-linux.com.mx/~izto/checkinstall/
http://www.linuxfocus.org/Italiano/D...ticle360.shtml