è naturale che se inserisci codice php in una pagina .htm questo non venga interpretato, perchè il server "leggendo" l'estensione .htm non capisce che deve interpretare il codice prima di inviarlo al client...

oltre al fatto che non capisco cosa ti costi cambiare le pagine portandole con estensione .php, puoi usare un include in javascript
codice:
<script language="javascript" type="" src="tuapagina.php"></script>