da quel poco che ne capisco di javascript il problema dovrebbe stare nel discorso dei percorsi, path relativi o assoluti.
ti dico come ho fatto io...

dunque, io ho preso tutti i file che dice lui [fckeditor.js, fckconfig.js, fckstyles.xml e la cartella editor] e li ho messi in una cartella del mio sito, dentro questa cartella ho creato una sottocartella e l'ho chiamata myroot, ora, dentro la cartella myroot ho creato un file index.php e c'ho scritto:

nell'head dell'html:

codice:
<script type="text/javascript" src="../fckeditor.js"></script>
<script type="text/javascript">
function FCKeditor_OnComplete( editorInstance ){
	window.status = editorInstance.Description ;
}
</script>
poi invece ogni volta che dovevo creare una textarea formattata con l'editor ho messo:

codice:
<script type="text/javascript">
var sBasePath = document.location.pathname.substring(0,document.location.pathname.lastIndexOf('myroot')) ;

var oFCKeditor = new FCKeditor( 'nomechevuoi' ) ;
oFCKeditor.BasePath = sBasePath ;
oFCKeditor.Create() ;
</script>
naturalmente se cambi il nome della cartella ricordati di cambiarlo anche qui sopra.






spero di averti aiutato!