Io ho avuto lo stesso problema l'anno scorso, e la mia causa è un po' improbabile, ma te la spiego lo stesso... hai visto mai che è lo stesso problema tuo?
Nel mio caso avevo uno script di statistiche che minitorava gli accessi da browser "normali" e da spider.
Visitando il sito con un browser tutto andava bene, mentre con lo spider di google il sito veniva visualizzato ma lo scriopt generava un errore, che google vedeva come errore 500 (internal server error) e quindi non riusciva a leggere i contenuti.
Ci ho messo mesi a capire perché non riuscisse a leggere!
Una volta rimediato a quell'errore dello script Google e tutti gli altri motori hanno indicizzato tutto alla grande.