Probabilmente la finestra perde il focus se clicchi su un oggetto diverso dalla finestra stessa anche se tale oggetto e` interno alla finestra. Ma, come dici, dipende dal browser.

Potresti farla chiudere all'onfocus di un'altra finestra.

Altrimenti conoscere l'ultimo evento potrebbe essere semplice in certi browser, ma diventa complicato fare una cosa crossbrowser.