La sintassi corretta (che funziona in TUTTI i browser) e`:
window.location.href=url;

L'altra sintassi funziona solo in IE.
La sintassi senza "window." funziona in IE e forse in qualche altro browser.

Se vuoi sganciarti da IE, devi usare sintassi corrette: verificale sempre in un manuale:
http://www.w3schools.com/htmldom/dom_reference.asp
http://www.devguru.com/technologies/...ipt_index.html