Diciamo che il codice della pagina php visto da lato client... e cioè caricato da internet da un browser... non è visionabile... es.
se tu hai una pagina php nominata prova.php con qst codice :

<?
echo 'ciao mamma';
?>


caricata in un server con indirizzo tipo www.pincopallino.it, l'utente dal suo browser chiamando all'indirizzo
http://www.pincopallino.it/prova.php , vedrà una pagina il cui contenuto è solamente "ciao mamma".
E' chiaro che il tuo codice è tranquillamente nascosto quando viaggia in internet(ma non vorrei dire una cavolata cmq)
Ora, se tu vuoi invece rendere incompresibile il codice php delle tue pagine anche a chi può accedere al server in cui risiedono... a questo punto non ti resta che acquistare dei prodotti che permettono di criptare il codice... ne esistono ma costano un bel pò... dai una occhiata a qst per es. http://www.ioncube.com/