Se intendi dire che vuoi posizionare il file nella pagina html e fare in modo che ci si veda "attraverso", quindi che le zone non occupate dagli oggetti del filmato siano appunto trasparenti, devi usare il wmode=transparent nella pagina html, oppure da file->impostazioni di pubblicazione->flash scegliere "trasparente senza finestra" (o simile, ora non so se è la voce precisa )