Ciao, ho incontrato lo stesso problema pochissimo fa, quindi forse posso darti qualche consiglio idiota ma utile:

1. pubblica la cartella bin, con la dll del tuo progetto all'interno (se c'è, ovviamente)

2. pubblica solo i files con estensione .aspx

3. pulisci il web.config, io ad esempio scrivo solo questo

<?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?>
<configuration>
<system.web>
<compilation defaultLanguage="vb" debug="true" />
<customErrors mode="Off"/>
<authorization>
<allow users="*" />
</authorization>
<globalization requestEncoding="utf-8" responseEncoding="utf-8" culture="it-IT" />
</system.web>
</configuration>

Confido di esserti stato utile