beh, si ... ci sono software come eaccelerator che ti permettono di crittare il sorgente php

ovviamente poi per essere eseguito deve essere installato sul server web

cmq guarda ... è abbastanza inutile applicare queste protezioni tranne che nel codice sorgente ci sia qualche sistema particolare, perché di solito le funzionalità esposte per piccole cose si possono riprodurre facilmente