No. Per ragioni di sicurezza il webserver gira sotto un utente specifico, come d'altronde moltissimi servizi. Quello che fa (come scrivere un file via php) lo fa sotto questo utente, apache, www-data, quello che e'.

Puoi aggirare il problema con uno script in cron che giri con i massimi permessi e che operi un chmod su quelle directory.