Non si riempie con tutti e due... ma dato che tu non annulli la seconda questa rimane visibile

codice:
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	for(i=0;i<document.preventivo.tipo_prodotto.options.length;i++) 
		document.preventivo.tipo_prodotto.options[i]=null;
	for(i=0;i<array_rif.length;i++) 
		document.preventivo.tipo_prodotto.options[i]=array_rif[i];
...