Ovviamente l'hard disk è stato partizionato con NTFS.
Per rimuovere la partizione NTFS devi partire da floppy (o meglio dal CD) di WinME, e, invece di eseguire l'installazione, eseguire FDISK e rimuovere tutte le partizioni non-DOS, per poi crearne quante te ne servono in FAT32.
Poi formattare e iniziare l'installazione.
Comunque, consiglio spassionato, metti Windows98 Second Edition invece di quello schifo di WindowsME...