prima leggi i file e li registri in array, poi fai le modifiche di cui ai bisogno e quindi riscrivi i file.Nel caso dell'array vuota, ti basta anche solo fare un ciclo dove all'interno fai un controllo..se è vuota passi al prossimo :-)


codice:
$a=0;
while(per ogni array)
  {if(array[$a]==""){
     $a++;}
   scrivo nel file l'array[$a];
   $a++;
  }