prima leggi i file e li registri in array, poi fai le modifiche di cui ai bisogno e quindi riscrivi i file.Nel caso dell'array vuota, ti basta anche solo fare un ciclo dove all'interno fai un controllo..se è vuota passi al prossimo :-)
codice:$a=0; while(per ogni array) {if(array[$a]==""){ $a++;} scrivo nel file l'array[$a]; $a++; }