Per quanto riguarda gli eseguibili in java devi creare dei file .jar che non sono devi veri e proprio .exe però l'effetto è lo stesso cioè lanciare le applicazioni con un clic del mouse.
Per quanto riguarda la disposizione dei componenti all'interno delle gui semplicemente ci sono dei layout (ce ne sono di diverso tipo) appositi...(guarda sulla documentazione il layout manager).
Per esempio c'è il GridLayout(int a, int b) che rappresenta una griglia di a righe e b colonne e tu tramite l'ordine in cui scrivi gli add inserisci i componenti (tipo bottoni ecc..) nelle varie caselle della griglia...

Era questo che ti serviva sapere??

Ciao.