quando ad esempio crei un JPanel di default ti usa un layout che ti piazza tutto accanto al altro...per cambiarlo devi fare così:

Supponiamo di voler utilizzare il GridLayout(int a, int b) che ti ho detto sopra.

codice:
JPanel p = new JPanel(new GridLayout(2,2));

p.add(bottone);  <-- mette nella casellina 1 - 1
p.add(bottone);  <-- mette nella casellina 1 - 2
p.add(bottone);  <-- mette nella casellina 2 - 1
p.add(bottone);  <-- mette nella casellina 2 - 2
(Immaginati una griglia di 2 per 2)

Ciao.