non saprei valutare il calo di prestazioni dovuto ad una directori aprticolarmente affollata, ma questo succede perché molti file sistem tipo ext2 e ext3 possiedono un unico file per la descrizione del contenuto di una directory e poiché si accede a tale file per le operazioni sui files allora i tempi aumentano. tale file è semplicemente una sequenza di record quindi va letto tutto.
Il file system ReiserFS invece utilizza un sistema di indicizzazione simile a quello usato da MySQL per le sue tabelle (B+ tree). Quindi va da Dio!