chiamiamo a.html la pagina con il link
chiamiamo b.html la pagina da aprire che contiene il flash

dentro a.html scrivi
codice:
<html>
<head>
<script type="text/javascript">
function aprifinestra() {
  h = screen.height;
  w = screen.width;
  w_height = 400; /* altezza della finestra da aprire */
  w_width = 600; /* larghezza della finestra da aprire */

  top_pos = parseInt(((h-w_height)/2), 10);
  left_pos = parseInt(((w-w_width)/2), 10);
  mywin = window.open('b.html','','width='+w_width+', height='+w_height+', left='+left_pos+', top='+top_pos+', resizable=no');
  mywin.focus(); /* porto in primo piano (focus) la finestra aperta */
}
</script>
</head>

<body>
apri

</body>
</html>
dentro b.html inserisci il tuo flash (usando i consueti tag <object > ed eventualmente <embed>)